คณะกรรมการส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติได้มีการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการในระดับนโยบายและระดับปฏิบัติการ เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานขับเคลื่อนแผนแม่บทส่งเสริมคุณธรรม
แห่งชาติ (พ.ศ. ๒๕๕๙ - ๒๕๖๔) โดยทำหน้าที่ในด้านต่าง ๆ ให้บรรลุเป้าหมายอย่างมีประสิทธิภาพและครอบคลุมทุกภาคส่วน 

ปัจจุบันมีคณะอนุกรรมการที่ดำเนินการอยู่ รวมจำนวน ๗ คณะ ดังต่อไปนี้

ระดับนโยบาย จำนวน ๔ คณะ ประกอบด้วย

๑. คณะอนุกรรมการขับเคลื่อนแผนแม่บทส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติ ฉบับที่ ๑ (พ.ศ. ๒๕๕๙ - ๒๕๖๔) 
โดยมีนายกล้า สมตระกูล  เป็นประธานอนุกรรมการ และอธิบดีกรมการศาสนา เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

๒. คณะอนุกรรมการด้านวิชาการการส่งเสริมคุณธรรมในสังคมไทย
โดยมีศาสตราจารย์อภิชัย พันธเสน เป็นประธานอนุกรรมการ และอธิบดีกรมการศาสนา เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

๓. คณะอนุกรรมการด้านประชาสัมพันธ์การส่งเสริมคุณธรรมในสังคมไทย
โดยมีนายกิตติพันธ์ ใจดี  เป็นประธานอนุกรรมการ และอธิบดีกรมการศาสนา เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

๔. คณะอนุกรรมการด้านการประเมินชุมชน องค์กร หน่วยงาน และจังหวัดคุณธรรม
โดยมีปลัดกระทรวงกระทรวงวัฒนธรรม เป็นประธานอนุกรรมการ และอธิบดีกรมการศาสนา เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

ระดับปฏิบัติการ จำนวน ๓ คณะ ประกอบด้วย

๑. คณะอนุกรรมการส่งเสริมคุณธรรมระดับกระทรวง
โดยมีปลัดกระทรวงเป็นประธานอนุกรรมการ และรองปลัดกระทรวงที่ได้รับมอบหมาย เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

๒. คณะอนุกรรมการส่งเสริมคุณธรรมระดับจังหวัด
โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดเป็นประธานอนุกรรมการ และวัฒนธรรมจังหวัด เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ

๓. คณะอนุกรรมการส่งเสริมคุณธรรมกรุงเทพมหานคร
โดยมีปลัดกรุงเทพมหานคร เป็นประธานอนุกรรมการ และผู้อำนวยการสำนักวัฒนธรรม กีฬา และการท่องเที่ยว เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ